En el momento de generar un PDF, desde InDesign, puedo escoger diferentes niveles de compatibilidad de Acrobat, desde Acrobat 4 hasta Acrobat 9.
¿Qué diferencias hay entre ellos?

Desde la perspectiva del trabajo habitual con artes gráficas, se debe tener claro el tema de las transparencias: si hacemos un PDF compatible con Acrobat 4, tendremos un PDF “tonto”, que no sabrá nada de transparencias, en el momento de crearlo InDesign hará el proceso de acoplar que sea necesario.
Si no se está seguro de qué RIP hará las separaciones (fotolitos y planchas), utilizar esta compatibilidad, la más baja, Acrobat 4, es la manera de evitar sorpresas con las transparencias.
En cambio, si el RIP admite las versiones posteriores de PDF, siempre será mejor que enviamos los PDFs con la versión más moderna posible.
En resumen:

• Preguntamos al impresor (oa quien tenga el RIP).
• En caso de duda, Acrobat 4.